Κατά την Τουρκοκρατία, η Αιγνουσιώτικη κοινότητα ανέπτυξε ιδιωτικές πρωτοβουλίες για να καλύψει τις ανάγκες της όντας απομονωμένη και χωρίς κρατική πρόνοια. Το 1844 οι κάτοικοι δημιούργησαν το «Παγκάρι» στην εκκλησία του Αγ. Νικολάου, για να συγκεντρώνουν εισφορές και να καλύπτουν τις ανάγκες του χωριού. Με την απελευθέρωση των Οινουσσών το 1912, τον ρόλο αυτόν ανέλαβε το ελληνικό κράτος.

Το 1929 δημιουργήθηκε ο ΣΦΟ, o οποίος έτυχε της συντρηπτικής αποδοχής της τοπικής κοινωνίας. Το πρώτο διοικητικό συμβούλιο απαρτίστηκε απο τον Δημήτρη Παν. Λαιμό (πρόεδρο), τον Διαμαντή Ιωαν. Πατέρα (ταμία) και τον Γιάννη Ηλ. Παπαλά (γραμματέα). Από τα πρώτα έργα του ΣΦΟ ήταν: ο εξωραϊσμός του χωριού, η ηλεκτροδότηση με τον Αριστείδη Λαιμό να αγοράζει την πρώτη γεννήτρια, η βελτίωση του λιμανιού, η ολοκλήρωση του ναού του Αγ. Νικολάου και η δενδροφύτευση του άλσους της Αγ.Παρασκευής. Δημιουργήθηκε επίσης ταμείο για δωρεές, με πρώτη αυτήν του Γιώργη Μιχ. Φράγκου.

Την δεκαετία του 1930 και κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, ο ΣΦΟ επεκτάθηκε προσφέροντας συσσίτια σε συνεργασία με τους Αιγνουσσιώτες/τισσες του Λονδίνου, μέσω του Ταμείου Ευπραγείας Οινουσσών (Τ.Ε.Ο), και της Αθήνας. Με την απελευθέρωση, ο ΣΦΟ εγκαθίδρυσε το Γυμνασιακό Παράρτημα της Χίου στο νησί, παρέχοντας επιχορηγήσεις στους καθηγητές.

Το 1954, ο ΣΦΟ πρωτοστάτησε στη δημιουργία του πρώτου στην Ελλάδα Ναυτικού Γυμνασίου, μέσω της δωρεάς του Διαμαντή και Καλλιόπης Πατέρα. Επιπλέον, ο ΣΦΟ ηγείται της εκστρατείας για τη συγκέντρωση κεφαλαίων για το Πρότυπο Οικοτροφείο το οποίο φιλοξένησε μαθητές από όλη την Ελλάδα. Την ίδια χρονιά, δημιούργησε τυπογραφείο για την έκδοση της τοπικής εφημερίδας "Οινούσσαι", τα άρθρα της οποίας γράφονταν από τον Ανδρέα Γ. Λαιμό.

Το 1957 κτίστηκε το Μέγαρο Παντελή Αντ. Λαιμού, το οποίο αφιερώθηκε στη μνήμη του από τη σύζυγό του Μαρία Παντ. Λαιμού και τους ανιψιούς του, Παντελή, Αντώνη και Νικόλαο Λαιμό. Το κτήριο παραχωρήθηκε στον ΣΦΟ για να φιλοξενήσει τα γραφεία του, τα γραφεία της τότε κοινότητας Οινουσσών, της Εθνικής Τράπεζας, του ΟΤΕ και του Ταχυδρομείου.

Το 1965, με προσωπικό αγώνα του τότε πρόεδρου του ΣΦΟ, καπτ. Πολύδωρου Λαιμού, επιτυγχάνεται η τιμητική ανακήρυξη της Κοινότητας σε Δήμο παρά το γεγονός ότι δεν πληρούσε τις πληθυσμιακές προϋποθέσεις, και ο πρόεδρος του ΣΦΟ εκλέγεται πρώτος Δήμαρχος των Οινουσσών. Την ίδια χρονιά, το Οικοτροφείο φιλοξενεί τη Σχολή Εμποροπλοιάρχων Οινουσσών. Τέλος, ο ΣΦΟ υποδέχεται τις συλλογές του Ναυτικού Μουσείου και φιλοξενεί τη Ναυτική Λέσχη στο Μέγαρο Παντελή Αντ. Λαιμού.

Το 1970, ο τότε πρόεδρος καπτ. Λέων Λεμός μεταφέρει τη διοίκηση του ΣΦΟ στον Πειραιά, ενώ η έδρα παραμένει στο νησί. Η έδρα και η επιμέλεια της εφημερίδας μεταφέρθηκαν επίσης στην Αττική. Ένα επιπλέον σημαντικό επίτευγμα του ΣΦΟ ήταν η εξασφάλιση της ακτοπλοϊκής σύνδεσης με τη Χίο, η οποία γινόταν με ιδιωτική πρωτοβουλία από την επιχείρηση του εφοπλιστή Γιάννη Κ. Λαιμού (Ναυτίλου). Έτσι, τον Νοέμβριο του 1971, το Ε/Ο ΟΙΝΟΥΣΣΑΙ, ιδιοκτησία του ΣΦΟ και αποτέλεσμα συνεργασίας με το Ταμείο Ευπραγίας Οινουσσών (Τ.Ε.Ο), πραγματοποίησε το πρώτο του ταξίδι, με πλοίαρχο τον Θεόδωρο Λαιμό (Κουρτουκέρη) και λύνει ένα ζωτικής σημασίας πρόβλημα.

Το 1972, η Παρασκευή Δ. Λαιμού με τα παιδιά της, στη μνήμη του συζύγου και πατέρα τους, Δημητρίου Γ. Λαιμού (Γέροντα), διέθεσαν οικόπεδο και ανέλαβαν τις δαπάνες για την κατασκευή κτιρίου, το οποίο προσφέρθηκε στον ΣΦΟ, ο οποίος με την σειρά του το διέθεσε ως σταθμό της τότε Χωροφυλακής, και σήμερα Αστυνομίας.

Το 1973, ο ΣΦΟ με δωρεές, όπως του Ιωάννη Κ. Χατζηπατέρα, Μάρκου Δ. Λαιμού, Αντώνη και Νικολάου Σπ. Λαιμού και Γιάννη Διαμ. Πατέρα, ολοκληρώνει την διάνοιξη των πηγαδιών στον Αϊ Γιάννη και την σύνδεσή τους με την υδατοδεξαμενή. Επιπλέον, επεκτείνει και βελτιώνει το οδικό δίκτυο του νησιού. Την ίδια χρονιά, έγιναν τα εγκαίνια του Υγειονομικού Σταθμού, με την δωρεά του Μάρκου Δ. Λαιμού και Δημήτρη Αντ. Λαιμού, και της οικογένειας του Ιωάννη Νικ. Πατέρα. Το ακίνητο ανήκει στον ΣΦΟ, οποίος και πέτυχε την προαγωγή του από Κοινοτικό Ιατρείο σε Υγειονομικό Σταθμό. Στην συνέχεια παραχωρήθηκε στις δημόσιες αρχές. Λειτούργησε επί δεκαετίες μέχρι να μετονομαστεί σε Πολυδύναμο Περιφερειακό Ιατρείο.

Το 1982, ο Λέων Χρ. Λεμός ιδρύει τη Διδασκαλική Στέγη, προσφέροντας προσιτή διαμονή στους εκπαιδευτικούς του νησιού. Τα έσοδα από τα ενοίκια διαχειρίζεται ο ΣΦΟ, ενώ είναι υπεύθυνος και για τη συντήρησή τους. Την ίδια χρονία, το Ε/Ο ΟΙΝΟΥΣΣΑΙ πωλήθηκε και με δωρεά των Διαμαντή Στ. Πατέρα και Διαμαντή Κ. Πατέρα αγοράστηκε το Ε/Ο ΟΙΝΟΥΣΣΑΙ ΙΙ.

Το 1983, με το κληροδότημα του Στέφανου Ν. Πατέρα, ο ΣΦΟ σε συνεργασία με τον Αντώνη Σπ. Λαιμό, κατασκεύασαν το ξενοδοχείο «Θαλασσοπόρος», το οποίο λειτουργούσε έως το 2009, όταν ανεστάλη η λειτουργία του λόγω πολεοδομικών υπερβάσεων (από το 2011 έως το 2018, ο ΣΦΟ επιλύει όλες τις υπερβάσεις). Το 1986, η Πόπη Χαρ. Πατέρα δώρισε ένα οικόπεδο με ερειπωμένο κτήριο, γνωστό ως «Φάμπρικα». Ο ΣΦΟ ανακατασκευάζει το κτίριο και το παραχωρεί στον Δήμο για τη φιλοξενία των διαφόρων υπηρεσιακών υπαλλήλων και επιμορφωτών του νησιού.

Το 1996, επί προεδρίας Μιχάλη Γ. Πατέρα, πραγματοποιείται η απόκτηση ιδιόκτητης αίθουσας που ονομάζεται «Εστία» στο Χαλάνδρι, όπου μεταφέρεται η διοίκηση του ΣΦΟ. Σε αυτό συνεισέφεραν οικονομικά: Αντώνης και Νικόλαος Σπ. Λαιμού, οι κληρονόμοι Διαμαντή Στέφανου Πατέρα, Νικόλαος Διαμ. Πατέρα, Στέφανος Μ. Κολλάκης, το ίδρυμα Λέοντος Λεμού, οι οικογένειες Κων/νου Ι. Λύρα, Χρυσάνθης Μ. Λύρα και Αγγέλας Γ. Λύρα.

Το 2006 πωλείται το Ε/Ο ΟΙΝΟΥΣΣΑΙ ΙΙ και αγοράζεται το Ε/Ο ΟΙΝΟΥΣΣΑΙ ΙΙΙ. Η αγορά αυτή πραγματοποιήθηκε από μέλη και φίλους του ΣΦΟ, και δωρητές: Νικόλαος Σπ. Λαιμός, Μαρίτσα, Νικόλαος, Δημήτρης και Χρήστος Σαμωνάς, Μάρκος και Γιάννης Διαμ. Λεμός, οικογ. Ιωάννη Κ. Χατζηπατέρα, οικογ. Μάρκου, Παντελή, Νικολάου και Καίτης Χατζηπατέρα, οικογ. Μάρκου και Κων/νου Λύρα, Διαμαντής Κ. Πατέρας, Αλέξανδρος και Γιάννης Λυγνός, Μαριγώ Λεμού-Πατίτσα, Φιλήμωνας και Λέων Πατίτσας, κληρονόμοι Διαμαντή Στ. Πατέρα, Νικόλαος Διαμ. Πατέρας και τέλος οικογ. Δημήτρη Λυγνού.

Το 2011, το Ίδρυμα Γιώργη Νικολού εγκατέστησε και λειτούργησε την τηλεϊατρική μονάδα στο Πολυδύναμο Περιφερειακό Ιατρείο Οινουσσών και με πρωτοβουλία του τότε δημάρχου Ευάγγελου Αγγελάκου και δωρεές διαφόρων συμπολιτών και εταιρειών έγινε ριζική ανακαίνιση του χώρου.

Το 2021, ο ΣΦΟ μεταβιβάζει στον Δήμο Οινουσσών την κυριότητα ενός οικοπέδου, δωρεά της Ευγενείας Πατέρα, συζύγου Νικολάου Πατέρα, με σκοπό την ανέγερση Ναυτικού Συνεδριακού Κέντρου.